Wmaker притежава доста мощен и удобен инструмент за конфигуриране. С него можете да контролирате както изгледа, така и държането - как и къде да се позиционират новите прозорци, как да се минимизират прозорците, можете да контролирате как да изглеждат графиките, да редактирате менютата, изобщо имате пълен контрол над средата - тя е във вашите ръце.