Doxygen e много полезна система за документиране на код с каквато Java програмистите отдавна разполагат. Doxygen е един прекрасен помощник, подобен на JavaDoc, който може да документира освен Java така и C/C++ и IDL. Ако искайте вярвайте, но тази програма безпроблемно може да замести JavaDoc и при това генерираната документация е много по-красиво оформена.

Освен изход във HTML можете да генерирате RTF, man или LaTeX документ, от който после можете да направите PostScript или PDF такъв. Има много опции с които можете да контролирате изходният вид и дори може да включва графове, показващи зависимостите, наследяванията .. изобщо една цялостна клас диаграма, която се генерира напълно автоматично.

Тази програмка я има както във варианти за Линукс, така и за много други UNIX операционни системи. Windows програмистите също не са пропуснати и дори графичният конфигуратор, написан на QT също е достъпен.

Последната версия на пакета, който се обновява доста често можете да откриете на http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/.